WES
Tüm Ekzom Dizi Analizi Nedir?
Tüm ekzon dizilemesi (WES), insan genomunun ~ 21.000 geninde protein kodlama bölgelerinin (ekzon) ve onları çevreleyen intronik bölgelerin taranması ve bu bölgelerdeki hastalığa sebep olabilecek değişikliklerin raporlanması işlemidir. Kodlama bölgesi, insan genomunun % 2'sini temsil eder, ancak hastalığa neden olan mutasyonların yaklaşık %85'ini içerir. Son dönemlere kadar uygulanan genetik testlerin çoğu sadece tek bir geni ya da hastalıkla ilişkili olduğu düşünülen birkaç geni tararken, WES testleri binlerce geni eş zamanlı olarak taramaktadır. Bu özellik, WES’ i karmaşık genetik problemlerin ortaya konmasında en etkili yöntemlerden biri haline getirmektedir. Tüm ekzom dizi analizi ile insan genomundaki ekzonların tümü dizi analizine tabi tutulmakta ve özellikle klinik tanı konulamamış hastalar için hastalığın kesin tanısının konulmasında çok büyük önem taşımaktadır.
Tüm Ekzom Dizi Analizi Kimlere Yapılmalıdır?
Tüm ekzom dizileme (WES) ile bize basvuran hastaların yüzde kaçına tanı koyabiliriz?
2018 yılında yapılan çalısmalarda*, tüm ekzom dizileme analizinin tanı koymada basarısının trio analizinde ( anne baba çocuk ) %34 ve tekli analizde ise % 26 oldugu bildirilmistir. Bu oran, çalısılan hastalık tipine, trio analizi kullanılıp kullanılmadıgına ve seçilen hastalıgın kalıtım modeline göre farklılık göstermektedir.
*Nick Dragojlovic et al. GENETICS inMEDICINE,2018
Tüm Ekzom Dizileme Sınırlılıkları Nelerdir?
Ekzom dizileme için örnek seçiminde dikkat edilmesi gereken konulardan bir tanesi, hastalığın kalıtım modelinin yanısıra beklenen mutasyon çeşididir. Büyük translokasyonlar, kopya sayısı değişimleri, mitokondrial genom mutasyonları, epigenetik faktörler, mozaik mutasyonlar, uniparental dizomi, GC zengin bölge tekrarları, nükleotid tekrar hastalıkları ve çok benzer psödogeni olan genlerde beklenen mutasyonlar, exom dizileme ile tespit edilememektedir. Kopya sayısı değişimleri için özel biyoinformatik arayüzler veya algoritmalar kullanılarak sonuç verilebilmektedir.
Üçlü (Trio) veya Tekli Tüm Ekzom Dizileme Analizi, Hangi Testi Yaptırmalıyım?
Trio analizinde, tekli tüm ekzom dizi analize göre tanı oranı çok daha yüksektir (yaklaşık %34’e karşı %26 ). Bu durum, trio analizde kalıtım desenine göre (otozomal resesif, otozomal dominant, X’e baglı kalıtım) analiz yapabilme imkanı olmasından kaynaklanmaktadır. Ayrıca de novo mutasyonların tanımlanabilmesi için anne-baba-çocuk örneklerini içeren trio analizi gerekmektedir. Ancak ekonomik nedenlerle trio analizi yaptıramayan veya klinik tanının çok güçlü oldugu durumlarda hastalara tekli tüm ekzom dizileme analizi önerilmektedir.
Hastama WES Yaptırmak Istiyorum, Ne Yapmalıyım?
1- Hasta tanı merkezine yönlendirilir. Burada genetik uzmanları tarafından ayrıntılı klinik öykü alınır, hastanın fizik muayene ve dismorfik muayene bulguları kaydedilir. Aileye ait en az 3 kusagı içeren soyagacı çizilir. Yapılacak test için hasta onamı ve test için kan örnegi alınır.
2- Hasta merkezimize gelemeyecek durumda ise;
a- Tüm ekzom dizileme islemi ile ilgili ayrıntılı hasta onamı alınır.
b- Hastaya ait klinik öykü, zik muayene bulguları ve
3- Kusak soyagacı çizilir. Ailede benzer bulgulara sahip olan baska bir birey olup-olmadığı, anne-baba arasında akrabalık olup olmadıgı mutlaka belirtilmelidir.
c- Hastaya ait 2 adet EDTA’lı tüpe alınmış kan örneği, hasta onamı ve klinik bilgileri ile birlikte en kısa sürede merkezime ulaştırılır.
